ในวันสหประชาชาติที่ 24 ตุลาคม พ.ศ. 2505 มีการชักธงขึ้นเป็นครั้งแรกสำหรับเขตทรัสต์ของหมู่เกาะแปซิฟิก (TTPI) ซึ่งอยู่ภายใต้การดูแลขององค์การสหประชาชาติ สีของธงนั้นสีฟ้าอ่อนและสีขาวมีพื้นฐานมาจากธงของสหประชาชาติ ได้รับการออกแบบโดย Gonzalo Santos ธงดังกล่าวได้รับการอนุมัติขั้นสุดท้ายในปีพ. ศ. 2508 จากการโหวตในสภาแห่งชาติไมโครนีเซีย
ดาวสีขาวหกดวงในธง Trust Territory สอดคล้องกับหกเขตของประเทศ ได้แก่ ปาเลาหมู่เกาะมาร์แชลล์และหมู่เกาะนอร์เทิร์นมาเรียนา (ซึ่งต่อมาได้กลายเป็นรัฐที่แยกจากกัน) เช่นเดียวกับ Yap, Truk (ปัจจุบันคือ Chuuk) และ Ponape (ปัจจุบันคือ Pohnpei) กลุ่มเกาะหลังทั้งสามกลายเป็นสหพันธรัฐไมโครนีเซียในปีพ. ศ. 2522 พร้อมกับเขตเพิ่มเติมของ Kusaie (ปัจจุบันคือ Kosrae) ธงไมโครนีเซียใหม่ได้รับการออกแบบและรับรองโดยที่ประชุมชั่วคราวเมื่อวันที่ 30 พฤศจิกายน พ.ศ. 2521 จากการออกแบบและสัญลักษณ์ของธงที่เคยใช้โดย Trust Territory ธงนี้แสดงดาวสีขาวห้าแฉกสี่ดวงสำหรับสี่เขต มีศูนย์กลางอยู่ที่ทุ่งสีฟ้าของมหาสมุทรแปซิฟิก แสงหนึ่งดวงของดาวแต่ละดวงชี้ออกไปจากกึ่งกลางของธงราวกับว่าถูกจัดเรียงบนวงแหวนในจินตนาการการเชื่อมโยงอย่างเสรีกับสหรัฐอเมริกาเกิดขึ้นเมื่อวันที่ 3 พฤศจิกายน พ.ศ. 2529 และต่อมามีการปรับเปลี่ยนธงเล็กน้อย: สีน้ำเงินเข้มถูกแทนที่ด้วย "สีน้ำเงินแห่งสหประชาชาติ" ของธง TTPI ดั้งเดิม
