เมื่อซูดานเป็นเอกราชในวันที่ 1 มกราคม พ.ศ. 2499 ผู้ที่นับถือลัทธิอนิสต์และชาวคริสต์ส่วนใหญ่ที่อาศัยอยู่ทางตอนใต้ของประเทศใหม่ไม่มีสัญลักษณ์ประจำภูมิภาคในขณะที่ชาวมุสลิมที่มีอำนาจเหนือกว่าในภาคเหนือและศูนย์กลางของประเทศแสดงป้ายสัญลักษณ์อิสลาม ก่อนที่จะได้รับเอกราชอังกฤษ (ซึ่งปกครองร่วมกับชาวอียิปต์) ได้จัดให้มีสัญลักษณ์ท้องถิ่นที่เหมาะสมสำหรับภูมิภาคต่างๆในซูดาน แต่รัฐบาลใหม่ในซูดานที่เป็นอิสระไม่เห็นด้วยกับการใช้สัญลักษณ์เหล่านี้ซึ่งขัดต่อการส่งเสริมเอกภาพแห่งชาติ
แบบทดสอบสำรวจแอฟริกา: เรื่องจริงหรือนิยาย? ไม่เคยมีหิมะตกในเคนยาตั้งแต่เริ่มแรกชาวซูดานทางใต้รู้สึกว่าถูกเลือกปฏิบัติโดยชาวเหนือที่นับถือศาสนาอิสลาม ชาวใต้ต่อสู้กับสงครามกลางเมืองที่ยืดเยื้อและนองเลือดเพื่อให้ได้รับเอกราชโดยมีข้อตกลงสันติภาพในปี 2548 ซึ่งรวมถึงการลงประชามติเกี่ยวกับเอกราชในภาคใต้ การลงประชามติครั้งนั้นผ่านไปอย่างท่วมท้นในเดือนมกราคม 2554 และซูดานใต้ได้รับเอกราชในวันที่ 9 กรกฎาคมในปี 1990 ในระหว่างการต่อสู้กับทางเหนือชาวซูดานทางใต้ได้สร้างธงแห่งเอกราชขึ้นซึ่งกลายเป็นธงประจำชาติใหม่ที่ชักขึ้นเป็นครั้งแรก เมื่อซูดานใต้เป็นเอกราชเมื่อวันที่ 9 กรกฎาคม 2554
ธงนี้มีหกสี คนผิวดำนึกถึงเชื้อสายแอฟริกันผิวดำของชาวซูดานใต้และชื่อดั้งเดิมของดินแดนของพวกเขาซึ่งมาจากภาษาอาหรับbilād al-sūdān ("ดินแดนของคนผิวดำ") สีขาวในธงเป็นสัญลักษณ์ของสันติภาพและความปรารถนาดีสำหรับทุกคน สีแดงหมายถึงเลือดและการเสียสละของวีรบุรุษและผู้เสียสละตลอดหลายยุคสมัย สีเขียวเป็นสัญลักษณ์ของเกษตรกรรมป่าไม้ความมั่งคั่งทางธรรมชาติและความเจริญรุ่งเรืองรวมทั้งความก้าวหน้า สามเหลี่ยมสีน้ำเงินแสดงถึงระบบแม่น้ำไนล์ที่นิรันดร์ซึ่งไหลผ่านแผ่นดินและเป็นปัจจัยยังชีพ สีเหลืองเป็นสัญลักษณ์ของความหวังและความมุ่งมั่นของทุกคน
