หลังสงครามโลกครั้งที่ 2 สาธารณรัฐสมาชิกของสหภาพโซเวียตได้ปรับเปลี่ยนธงของตนเพื่อให้มีสีประจำชาติ ทาจิกิสถานเป็นคนสุดท้ายจาก 15 คนที่ทำหน้าที่ ธงทาจิกิสถานของสหภาพโซเวียตก่อนหน้านี้เป็นสีแดงพร้อมด้วยค้อนเคียวและสัญลักษณ์รูปดาวของคอมมิวนิสต์ที่อยู่เหนือชื่อของรัฐด้วยตัวอักษรสีทอง เมื่อวันที่ 20 มีนาคม พ.ศ. 2496 ทาจิกิสถานได้เพิ่มแถบแนวนอนสองแถบสีขาวบนสีเขียวอ่อนให้กับแบนเนอร์สีแดงของสหภาพโซเวียตด้วยค้อนทองคำเคียวและดาวสีแดงที่มีขอบสีทอง สีเขียวแสดงถึงการปลูกองุ่นและผลิตผลทางการเกษตรในขณะที่สีขาวหมายถึงฝ้ายที่ทำให้ทาจิกิสถานมีชื่อเสียง
ทาจิกิสถานประกาศเอกราชเมื่อวันที่ 9 กันยายน พ.ศ. 2534 แต่ก็มีการเปลี่ยนแปลงธงของตนอีกครั้ง ดีไซน์ใหม่เริ่มตั้งแต่วันที่ 24 พฤศจิกายน 2535 โดยมีสี่สีเช่นเดียวกับธงปี 1953 ปัจจุบันมีการกล่าวกันว่าสีเขียวยืนหยัดเพื่อการผลิตทางการเกษตรในขณะที่สีแดงเป็น“ สัญลักษณ์ของอำนาจอธิปไตยของรัฐ” สีขาวมีความหมายเหมือนเดิมหมายถึงพืชฝ้าย มงกุฎที่อยู่ตรงกลางของแถบสีขาวมีส่วนโค้งของดาวสีทองเจ็ดดวงกล่าวกันว่าสิ่งเหล่านี้แสดงถึงความสามัคคีระหว่างชนชั้นทางสังคมที่แตกต่างกันของประเทศรวมถึงคนงานชาวนาและปัญญาชน
