เอกราชของมอนเตเนโกรได้รับการยอมรับในปี พ.ศ. 2421 และในปีนั้นมอนเตเนโกรได้ใช้ไตรรงค์สีแดง - น้ำเงิน - ขาวแนวนอนของเซอร์เบีย (ซึ่งมีการเชื่อมโยงแบบหลวม ๆ ) สำหรับธงประจำชาติ สีแพนสลาฟได้รับแรงบันดาลใจจากธงชาติรัสเซีย เมื่อมอนเตเนโกรซื้อกองทัพเรือสัญลักษณ์ของเจ้าชาย (ต่อมาคือกษัตริย์) นิโคลัสก็ปรากฏบนการออกแบบ หลังสงครามโลกครั้งที่ 1 มอนเตเนโกรที่เป็นอิสระพร้อมกับประเทศบอลข่านอื่น ๆ อีกหลายประเทศกลายเป็นส่วนหนึ่งของราชอาณาจักรเซิร์บ Croats และ Slovenes (ภายหลังเปลี่ยนชื่อเป็นยูโกสลาเวีย) และไม่มีธงของตนเอง ยูโกสลาเวียถูกสลายโดยฝ่ายอักษะในช่วงสงครามโลกครั้งที่สอง; มอนเตเนโกรซึ่งเป็นอิสระในนามถูกอิตาลียึดครองและบินไตรรงค์สีแดง - น้ำเงิน - ขาวอีกครั้งตั้งแต่เดือนกรกฎาคม พ.ศ. 2484 ถึงเดือนพฤศจิกายน พ.ศ. 2486
ยูโกสลาเวียได้รับการสถาปนาเป็นสหพันธรัฐหลังสงครามและสาธารณรัฐที่เป็นส่วนประกอบได้รับอนุญาตให้ใช้ธง มอนเตเนโกรใช้ไตรรงค์โดยมีดาวสีแดงที่มีเค้าโครงสีเหลืองอยู่ตรงกลางตั้งแต่เดือนธันวาคม พ.ศ. 2489 ถึง พ.ศ. 2536 สาธารณรัฐยังคงอยู่ (กับเซอร์เบีย) ในสหพันธ์ยูโกสลาเวียหลังจากที่สาธารณรัฐอื่น ๆ แยกตัวออกจากมันในช่วงต้นทศวรรษ 1990 ประเทศนี้เป็นที่รู้จักในชื่อเซอร์เบียและมอนเตเนโกรในปี 2546–06
เมื่อวันที่ 13 กรกฎาคม 2547 มอนเตเนโกรได้นำธงที่โดดเด่น ธงใหม่ของมอนเตเนโกรเป็นสีแดงล้อมรอบด้วยสีเหลืองตามธงราชวงศ์เก่า ตรงกลางมีนกอินทรีสองหัวสีเหลืองแสดงโล่พร้อมสิงโตซึ่งเป็นแขนของราชวงศ์Njegošที่เคยปกครองมอนเตเนโกร 2549 ในการลงประชามติที่ได้รับความนิยมในมอนเตเนโกรได้รับความนิยมในการแยกตัวออกจากสหพันธ์และประกาศอิสรภาพเมื่อวันที่ 3 มิถุนายน ธงประจำปี 2547 กลายเป็นธงชาติของมอนเตเนโกรในวันนั้น