ซามัวไม่มีธงก่อนที่ชาวยุโรปจะมาถึงในช่วงต้นศตวรรษที่ 18 และประวัติของธงชาติซามัวในศตวรรษที่ 19 มีความซับซ้อนและไม่มีเอกสารครบถ้วน ในปีพ. ศ. 2442 บริเตนใหญ่เยอรมนีและสหรัฐอเมริกาตกลงที่จะแบ่งซามัว ธงชาติสหรัฐฯถูกยกขึ้นเหนืออเมริกันซามัวอย่างเป็นทางการเมื่อวันที่ 17 เมษายน พ.ศ. 2443 และยังคงเป็นธงอย่างเป็นทางการ แต่เพียงผู้เดียวในช่วง 60 ปีข้างหน้า การปกครองท้องถิ่นค่อยๆพัฒนาและขยายไปเกี่ยวข้องกับสัดส่วนที่เพิ่มขึ้นของประชากรซามัว ด้วยเหตุนี้จึงมีการพูดถึงแนวคิดเรื่องธงท้องถิ่นเป็นครั้งแรกในปี 1950 ผู้นำท้องถิ่นและสถาบันตราประจำตระกูลของกองทัพสหรัฐได้สร้างธงปัจจุบันตามแนวคิดที่ส่งมาจากประชากรซามัว เป็นวันที่ 27 เมษายน 2503 ซึ่งเป็นวันที่รัฐธรรมนูญฉบับแรกของอเมริกันซามัวมีผลบังคับใช้และครบรอบ 60 ปีของการชักรอกแรกของสหรัฐฯธงในซามัว
สีแดงขาวและน้ำเงินบนธงเป็นสีดั้งเดิมทั้งในซามัวและสหรัฐอเมริกา นกอินทรีที่บินได้ถืออยู่ในกรงเล็บของมันสองสัญลักษณ์แบบดั้งเดิมของซามัวคือฟลาย ( fue ) และสโมสรสงคราม ( uatogi ) อดีตเป็นสัญลักษณ์ของภูมิปัญญาของหัวหน้าแบบดั้งเดิมของซามัวและหลังแสดงถึงอำนาจของรัฐ
